سید جمال که در باب عالی در آنکارا زندانی بود، آخرین نامه ی خود را در سه شنبه 5 شوال 1314/9 مارس 1897، به یکی از دوستان ایرانی خود می نویسد و ناامید از نجات و حیات، کشته شدن خویش را انتظار می کشد. واپسین کلام سید آنچنان نغز و صریح است که نیاز به تحلیل ندارد.

«دوست عزیز! من در موقعی این نامه را به دوست عزیز خود می نویسم که در محبس محبوس و از ملاقات دوستان خود محرومم. نه انتظار نجات دارم و نه امید حیات، نه از گرفتاری متألم و نه از کشته شدن متوحش. خوشم بر این حبس و خوشم بر این کشته شدن. حبسم برای ازادی نوع، کشته می شوم برای زندگی قوم. ولی افسوس می خورم از این که کشته های خود را ندرویدم. به آرزویی که داشتم کاملا نایل نگردیدم. شمشیر شقاوت نگذاشت بیداری ملل مشرق را ببینم. دست جهالت فرصت نداد صدای آزادی را از حلقوم امم مشرق بشنوم. ای کاش من تمام تخم افکار خود را در مزرعه ی مستعد افکار ملت کاشته بودم. چه خوش بود تخم های بارور و مفید خود را در زمین شوره زار سلطنت فاسد نمی نمودم. آنچه در آن مزرعه کاشتم، به نمو رسید. هر چه در این زمین کویر غرس نمودم فاسد گردید. در این مدت هیچ یک از تکالیف خیرخواهانه ی من، به گوش سلاطین مشرق فرو نرفت. امیدواری ها به ایرانم بود. اجر زحماتم را به فراش غضب حواله کردند. با هزاران وعده و وعید به ترکیه احضارم کردند. این نوع مغلول و مقهورم نمودند. غافل از این که انعدام صاحب نیت، اسباب انعدام نیت نمی شود. صفحه ی روزگار، حرف حق را ضبط می کند. باری، من از دوست گرامی خود، خواهشمندم این آخرین نامه را به نظر دوستان عزیز و هم مسلکهای ایرانی من برسانید و زبانی به آن ها بگویید: شما که میوه ی رسیده ی ایران هستید و برای بیداری ایرانی دامن همت به کمر زده اید، از حبس و قتال نترسید، از جهالت ایرانی خسته نشوید، از حرکات مذبوحانه ی سلاطین متوحش نگردید، با نهایت سرعت بکوشید با کمال چالاکی کوشش کنید، طبیعت با شما یار است و خالق طبیعت، مددکار. سیل تجدد، به سرعت به طرف مشرق جاری است. بنیاد حکومت مطلقه متعدم شدنی است. شماها تا می توانید در خرابی اساس حکومت مطلقه بکوشید، نه به قلع و قمع اشخاص. شما تا قوه دارید در نسخ عاداتی که میانه ی سعادت و ایرانی سد سدید گردیده، کوشش نمایید، نه از نیستی صاحبان عادات. هر گاه بخواهید اشخاص را مانع شوید، وقت شما تلف می گردد. اگر بخواهید به صاحب عادت سعی کنید، باز آن عادت، دیگران را بر خود جلب می کند. سعی کنید موانعی را که میانه ی الفت شما و سایر ملل واقع شده رفع نمایید. گول عوام فریبان را نخورید.»

سید در اواخر عمر در ترکیه زندگی، و غیر مستقیم تحت نظر سلطان عبدالحمید، امپراتور عثمانی قرار داشت. وقتی خبر قتل ناصرالدین شاه توسط میرزا رضا کرمانی به اسلامبول رسید، به دستور امپراتور عثمانی، از بیشتر ایرانیان درباره ی ارتباط سید جمال و میرزا رضا تحقیق به عمل آمد و سرانجام پلیس عثمانی طی گزارشی نوشت: «سید جمال الدین ایرانی است و میرزا رضا به تحریک او مرتکب قتل شاه شده است.» سلطان عثمانی از سید جمال در هراس افتاد و دستور قتل او را داد و سرانجام در 19 اسفند 1275 برابر با 9 مارس 1897، او را مسموم ساختند و جنازه ی او را در قبرستان مشایخ اسلامبول به خاک فرستادند. در سال 1324 شمسی، فیض محمدخان، سفیر وقت دولت افغانستان در آنکارا موافقت دولت ترکیه را برای نبش قبر سید به دست آورد و بقایای جسد سید را در تابوتی به کابل انتقال داد.